Конец периода Эдо. Самураи и граждане недовольны своей жизнью под властью сегуна Токугавы Иэнари. В городе живет парень Джирокичи, днем — игрок в баре, а ночью он становится совершенно другим человеком, известным в народе как Незуми Козо (буквально «парень Крыса»). Вместе со своей сестрой Косодэ они «облегчают» коррумпированных самураев от золота, раздавая его бедным…

Главный герой — ученик старшей школы Ягами Лайт, который случайно находит Тетрадь смерти, подкинутую в мир людей богом смерти Рюком. Юноша получает шанс безнаказанно изменять мир, поскольку человек, чье имя вносится в Тетрадь, умирает. Заполучив в руки столь желанное оружие для борьбы с мировой преступностью, подросток одновременно ведёт опасную игру с гениальным детективом.