В середине 19 века Япония, отгородившаяся от всего мира на триста лет, была потрясена прибытием «черных кораблей». Должны ли японцы открыть двери чужакам или изгнать со своей земли варваров – нация раскололась пополам.

В детстве Айдзаву Нацуки похитили, приняв ее за друга детства Кентаро. Пережив сильнейшее эмоциональное потрясение Нацуки во многом полагается на Кентаро. Теперь она работает в университете, изучает физику, но внезапно с Нацуки начинают происходить странные вещи. И в такой момент она встречает Тацуми Шую, нового работника в университете. У этого незнакомца есть один секрет — он путешествует во времени.

По дороге в школу 12-летний троечник Али находит странное устройство. Вскоре мальчик узнает, что гаджет был украден у разведслужбы МСС. Ему предлагают стать секретным агентом и поступить на обучение в Академию. Воодушевленный предстоящей работой Али приступает к тренировкам и быстро осознает, как нелегко выполнять миссии и противостоять коварным врагам. Ведь злые ученые и их жестокие наемники постоянно устраивают атаки на Киберрай. Но Али твердо намерен стать лучшим агентом МСС.