Школа для мальчиков Бакада наполнена драчливыми, развязными, безалаберными янки. Ученицы же женской академии Катталея идеальны во всем — хорошие оценки, уважаемые семьи и идеально-белые пиджачки. Когда школы решают объединить, главарь Бакады, Сакураги Тацуя, резко реагирует на новеньких, и вступает с президентом студенческого совета Катталея, Шингёджи Фумиэ, в противостояние.

По дороге в школу 12-летний троечник Али находит странное устройство. Вскоре мальчик узнает, что гаджет был украден у разведслужбы МСС. Ему предлагают стать секретным агентом и поступить на обучение в Академию. Воодушевленный предстоящей работой Али приступает к тренировкам и быстро осознает, как нелегко выполнять миссии и противостоять коварным врагам. Ведь злые ученые и их жестокие наемники постоянно устраивают атаки на Киберрай. Но Али твердо намерен стать лучшим агентом МСС.

На церемонии начала учебного года в средней школе, не самая умная из учениц Аихара Котоко, замечает симпатичного мальчика - красавца и гения школы по имени Ириэ Наоки, чей IQ равен 200. Она немедленно влюбляется в него. Котоко очень долго не может выразить свои чувства к нему, но, наконец, ей предоставился шанс сказать об этом парню. К сожалению, Наоки сразу же отказывает Котоко.