В престижной частной старшей школе в Каннаме разворачивается история непростых отношений между учительницей математики и учеником-вундеркиндом.

Амэмия Хотару — новый тип японских девушек. Днем она усердно трудится в офисе, чопорно выполняя все задания начальства, оперативно исполняя ту или иную работу, четко и без лишних вопросов понимая суть поручений. В общем, днем она — образцовый сотрудник успешной компании. Но вот после работы Амэмия превращается в самую настоящую... «хрюшу». От офисного прилежного вида и аккуратности не остается и следа. Ее дом завален разнообразнейшим хламом: носки, нижнее белье, банки из под пива — все это является обязательными атрибутами ее домашней жизни. У Амэмии нет парня, она спит под газетами на своем любимом крыльце, пьет пиво банками и разговаривает с кошками...

В 2006 году нанотехнолог становится свидетелем череды странных событий в мировой науке — эксперименты на ускорителях частиц дают противоречивые результаты, из-за чего ученые, считая, что предел познания Вселенной достигнут, совершают самоубийства. Герой соглашается участвовать в расследовании, из-за чего ему начинают мерещиться цифры с обратным отсчетом. Военные и спецслужбы приходят к выводу, что кто-то или что-то пытается затормозить научный прогресс на Земле.