Главный герой — ученик старшей школы Ягами Лайт, который случайно находит Тетрадь смерти, подкинутую в мир людей богом смерти Рюком. Юноша получает шанс безнаказанно изменять мир, поскольку человек, чье имя вносится в Тетрадь, умирает. Заполучив в руки столь желанное оружие для борьбы с мировой преступностью, подросток одновременно ведёт опасную игру с гениальным детективом.

В результате землетрясения на поверхности обнаружены скелеты 3 человек. Результаты тестов ДНК показывают, что эти останки принадлежат людям, которые еще живы. Так начинается захватывающее расследование, которое ведут двое полицейских детективов. Кто эти жертвы? Как они могут быть и живы, и мертвы одновременно? Ответы окажутся далеко за рамками человеческого воображения. У каждого из главных героев есть свой «скелет в шкафу», который пытается вырваться оттуда и заставить посмотреть в лицо своим страхам.