В 2006 году нанотехнолог становится свидетелем череды странных событий в мировой науке — эксперименты на ускорителях частиц дают противоречивые результаты, из-за чего ученые, считая, что предел познания Вселенной достигнут, совершают самоубийства. Герой соглашается участвовать в расследовании, из-за чего ему начинают мерещиться цифры с обратным отсчетом. Военные и спецслужбы приходят к выводу, что кто-то или что-то пытается затормозить научный прогресс на Земле.

В детстве Айдзаву Нацуки похитили, приняв ее за друга детства Кентаро. Пережив сильнейшее эмоциональное потрясение Нацуки во многом полагается на Кентаро. Теперь она работает в университете, изучает физику, но внезапно с Нацуки начинают происходить странные вещи. И в такой момент она встречает Тацуми Шую, нового работника в университете. У этого незнакомца есть один секрет — он путешествует во времени.